Le CRPM accueille trois laboratoires de recherche qui ont chacun des axes de recherche privilégiés.
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- État-nation et gestion de la multiculturalité
- Innovation démocratique, gouvernance et lutte contre la corruption
- Offre politique et élections à Madagascar
- Aménagement du territoire
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- Acteurs et échelles de régulation de l’espace régional
- Place des acteurs internationaux et non-gouvernementaux dans la région
- Enjeux géopolitiques et géostratégiques des îles de l’océan Indien, contestations territoriales et maritimisation des conflits
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- Politiques environnementales, management responsable et RSE
- Économie bleue et gestion des ressources
- Économie de crise